Syöpänäytteistä on nykymenetelmillä mahdollista tehdä laajoja geenisekvensointitutkimuksia, mikä tarjoaa mahdollisuuksia yksilöllisen lääkehoidon valintaan. Tietokonemalleja hyödyntämällä voidaan tutkia tarkemmin, miten mutaatiot vaikuttavat syöpälääkkeiden toimintaan. Yhdistämällä geenisekvenssitieto ja tieto lääkekohteen rakenteesta, voidaan tietokonemallien avulla tutkia eri lääkkeiden sitoutumista ja kartoittaa todennäköisesti tehokkaimmat vaihtoehdot.
Syövässä esiintyy myös tuntemattomia mutaatioita, joiden vaikutusta ei vielä tunneta (variants of unknown significance, VUS). Tietokonemallien avulla voidaan arvioida tuntemattomien mutaatioiden vaikutusta proteiinin toimintaan sekä seuloa mahdollisia lääkevaihtoehtoja tuntematonta varianttia kohtaan.
Esityksessään professori Poso kertoi myös käytännön esimerkkejä tietokonemallien hyödyntämisestä syöpälääkkeen valinnassa. Saksassa Tübingenin yliopistosairaalan geeniohjatun syövänhoidon työryhmä (MTB) voi antaa vaikeasti tulkittavia tapauksia tutkimusryhmälle arvioitavaksi. Kysymykset liittyvät yleensä lääkkeen valintaan ja oletettuun tehoon kyseisessä geenimuutoksessa.
Tutkijat perehtyvät aiempaan tutkimustietoon ja rakentavat yksilöidyn lääkevaikutuskohdemallin, jossa lääkekohteen rakenne yhdistetään syövästä saatuun geenisekvenssitietoon. Tietokonemallista tarkastellaan lääkeaineita sitovaa aluetta ja mutaatioiden vaikutusta siihen. Tarvittaessa tehdään myös simulaatioita, joissa huomioidaan lääkevaikutuskohteen ja lääkkeiden liikkeet. Löydösten pohjalta laaditaan raportti, joka sisältää kirjallisuusviitteet, rakenteessa havaitut muutokset sekä niiden todennäköiset vaikutukset lääkkeiden sitoutumiseen ja tehoon. Mallinnus on nopeaa ja raportti valmistuu tyypillisesti muutamissa päivissä.
Tietokonemallinnus on menetelmänä lupaava, mutta sen hyödyistä syöpälääkkeen valinnassa kliinisessä käytössä ei vielä ole kattavaa tutkimusnäyttöä. Yhteistyön lisääminen yliopistosairaaloiden ja tutkijoiden välillä sekä kokemusten dokumentointi systemaattisesti on ensiarvoisen tärkeää menetelmän kliinisen hyödyn ja vaikuttavuuden arvioinnissa.
Kansallisten ja kaikille avoimien FICAN science -webinaarien tavoitteena on tarjota ajankohtaista tietoa korkealaatuisesta syöpätutkimuksesta ja sen tuloksista, uusimmasta kehityksestä sekä parhaista käytännöistä eri puolilta Suomea. Seuraava FICAN science -webinaari järjestetään huhtikuussa, jolloin järjestäjänä on FICAN North. Tarkemmat tiedot ja linkki webinaariin päivittyvät lähempänä FICAN verkkosivuille.
